皖南医学院马克思主义理论学科于2016年获批学校重点学科，2021年被遴选为学校一流学科，2022年获批一级学科硕士学位授权点。目前设马克思主义基本原理、马克思主义中国化研究、思想政治教育3个研究方向。

马克思主义理论一级学科硕士学位授权点注重培养研究生掌握马克思主义基本理论及其教育教学的实践和规律，能够较好运用马克思主义立场观点方法分析和解决社会现实问题，毕业后胜任大中小学思政课教师、高校辅导员、各级党校、党政机关、企事业单位、医疗机构党务人员等工作岗位。

本学科现有专任教师42人，其中，教授5人、副教授13人，博士16人（含在读4人），博士后1人，获“全国高校思想政治理论课教学骨干”荣誉称号1人、安徽省“教坛新秀”荣誉称号3人，校学术与技术带头人后备人选2人。近三年，获省部级教学和科研项目38项、省级社会科学奖1项、省级教学成果奖2项。拥有国家级“大思政课”实践教学基地“皖南医学院弋矶山医院抗击疫情专题实践教学基地”、安徽省弘扬核心价值观名师工作室、安徽省高校人文社科重点研究基地“大学生心理健康教育研究中心”、安徽省哲学社会科学重点实验室“高校公共卫生危机管理重点实验室”、皖南医学院“德育与医学人文教育协同研究中心”、“思政课实践教学虚拟仿真中心”等教学科研平台。