临床医学是我校的重点学科和特色学科，在省内较早开展研究生教育，1981 年获批神经病学硕士学位授权点，1993年获批妇产科学硕士学位授权点，1996 年获批外科学（普外）硕士学位授权点。2010年获批为一级学科硕士学位授权点。

临床医学为安徽省高峰学科、省新增博士学位授予单位立项建设学科，ESI排名稳居前1%。获批有国家临床重点专科建设项目2个（重症医学科、普外科）、省级临床优先发展专科2个，省级临床重点专科12个，省级临床重点培育专科3个，9个专科入选中国医院科技量值专科百强。安徽省“江淮名医”15人，省学术技术带头人9人、后备人选13人，省“特支计划”卫生创新领军人才5人，省政府特殊津贴专家3人，省“115”产业创新团队1个。

学科拥有重大疾病非编码RNA转化研究安徽省普通高校重点实验室、国家老年疾病临床医学研究中心安徽分中心、安徽省危重症（呼吸）临床医学研究中心、安徽省药物临床评价中心、国家药物临床试验机构5个省级科研平台。近5年，累计获纵向科研项目573项，总资助经费6865万元。其中，国家自然科学基金45项，国家社科基金2项。获横向科研项目149项。发表一类论文1214篇，获批发明专利344项，转让专利56项。获省科技奖21项，其中二等奖6项。