皖南医学院药学学科始建于1958年，药理学1981年获批全国首批硕士学位授权点，2018年获批药学硕士专业学位授权类别，2019年获批药学一级学科硕士学位授权点。2023年药学学科获安徽省应用型高峰培育学科。药学学科是我校重点建设学科，奠基人为原国家新药研究与开发常务专家委员会委员、中国药典委员会委员、中国药理学会定量药理学专业委员会创始人孙瑞元教授。

目前本学科已形成药理学、药物化学、药剂学和临床药学等4个稳定的研究方向，现有硕士生导师32人，博士生导师4人，其中教授21人，占总人数的66%，具有博士学位者30人，占总人数的94%。学科拥有国家级临床药物评价中心、国家中医药管理局中药药理三级实验室、卫生部临床药师培训基地、安徽省多糖药物工程技术研究中心、安徽省皖南地区植物药活性物质筛选与再评价工程实验室、安徽省代谢性疾病药物基础研究创新中心、安徽省临床药学重点专科、安徽省临床药物基因组学中心、安徽省个体化药学中心等省部级以上科研平台和皖南医学院药物研发中心、定量药理研究所、医用材料合成应用研究所、药物筛选与评价研究所、现代中药研究所、天然日化研究所等校级科研机构。经过多年的建设与发展，学科建设不断增强、人才培养日趋合理、科研水平明显提升、学术交流日益紧密、社会服务效益显著，资源共享及对外合作不断推进，为推动我省医药产业转型升级、培育经济发展新动能提供重要的科技支撑和人才支撑，对进一步促进“健康中国”战略，具有重要的经济和社会效益。