临床医学是我校重点学科和特色学科，1981年获批成为国务院学位委员会首批硕士学位授予点。2009年招收临床医学硕士专业学位研究生，2013年成为教育部、国家卫生计生委批准的第一批“临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革”试点单位。2015年正式实行临床医学硕士专业学位教育与住院医师规范化培训并轨。目前招生类别包括：内科学、外科学、妇产科学等22个专业领域,达到国家临床医学专业学位类别下设领域的 84.62%。

临床医学为安徽省高峰学科、省新增博士学位授予单位立项建设学科，ESI排名稳居前1%。获批有国家临床重点专科建设项目2个（重症医学科、普外科）、省级临床优先发展专科2个，省级临床重点专科12个，省级临床重点培育专科3个，9个专科入选中国医院科技量值（STEM）全国百强，其中2021年麻醉学STEM排名全省医疗机构第1名；4个学科进入五年总科技量值（ASTEM）全国百强，其中烧伤外科、麻醉学均排名全省医疗机构第1名。

学科获批省工程实验室、省重点实验室等省级平台6个，国家疑难病症诊治能力提升工程项目1个。近5年，累计获纵向科研项目573项，总资助经费6865万元。其中，国家自然科学基金45项，国家社科基金2项。发表一类论文1214篇，获批发明专利344项，转让专利56项。获省科技奖21项，其中二等奖6项。

临床医学依托培养单位第一附属医院创建于1888年，拥有25个国家级住院医师规范化培训专业基地和1个国家级专科医师规范化培训制度试点培训基地。建有建筑面积为1.3万平方米的全科医生培训基地，集住院医师规范化培训、全科医师培训、临床医学硕士专业学位研究生培养、临床医学专业本科生技能培训“四位一体”，能够较好地满足临床医学硕士专业学位研究生临床实践能力培养的要求。