口腔医学是安徽省特色专业，始建于1985年，1986年招收3年制口腔医学专科生，1997年开始招收5年制口腔医学本科生。2014年获批口腔医学专业学位硕士授权点，2015年开始招收口腔医学专业学位硕士研究生。

口腔医学依托培养单位口腔医学院，成立于2013年，是安徽省卓越口腔人才培养单位，安徽省口腔医学专业综合改革试点单位，安徽省一流专业建设单位，现为安徽省口腔医学会牙周病学、口腔修复学、儿童口腔医学、口腔预防医学、口腔医学美学专委会副主任委员单位。现建有安徽省口腔材料与应用转化工程研究中心、皖南医学院口腔疾病研究中心两个科研平台，近三年，承担各级各类教研、科研课题60余项，累计科研经费达210余万元。

皖南医学院根据口腔医学专业学位及其培养目标特点，对实践基地制订了专门的遴选和建设标准，先后确定了多家专业实践基地，分别是皖南医学院第一附属医院、中国科学技术大学附属第一医院、阜阳市人民医院、合肥市口腔医院、合肥市第二人民医院等。皖南医学院第一附属医院口腔医学中心2014年获批“国家级住院医师规范化培训基地”，其中包括口腔颌面外科、口腔全科、口腔内科、口腔正畸科，培养拥有“四证合一”（执业医师资格证书、住院医师规范化合格证书、研究生毕业证书、硕士学位证书）的高级口腔临床医学人才。