临床医学学科建于1958年，为安徽省高峰学科，ESI排名稳居前1%。1979年开始神经病学等临床学科的研究生教育，1981年获得国务院学位委员会首批学士学位和硕士学位授予权。2009年招收临床医学硕士专业学位研究生，2013年成为教育部、国家卫计委首批“临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革”试点单位，2010年获批一级学科硕士学位授权点，2018年通过教育部本科教学工作审核评估，2020年通过临床医学专业认证（有效期6年）。

学科方向聚焦四大领域研究：心脑血管病基础与临床研究、消化道肿瘤基础与临床研究、危重症呼吸疾病基础与临床研究、围术期麻醉与气道管理，在平台建设、师资队伍、科研水平、专科能力等方面特色明显。现有4个国家临床重点专科（神经外科、神经内科、重症医学、普外科），1个国家中医药重点学科（中医痹病学），28个省级临床重点专科（2个优先发展专科），神经外科等14个学科先后进入中国医科院医院科技量值（STEM）百强。拥有非编码RNA基础与临床转化安徽省重点实验室、安徽省数字脑工程研究中心、安徽省危重症呼吸疾病临床医学研究中心等高水平平台10个，是安徽省第十二批博士后科研工作站拥有两所三级甲等综合性直属附属医院，与首都医科大学北京天坛医院合作共建北京天坛医院安徽医院，打造神经系统疾病国家区域医疗中心。拥有国家自然科学基金创新群体负责人刘杰教授、首届国家优秀青年医师奖获得者姚卫东教授、全国卫生健康系统先进工作者章宏祥主任医师、全国优秀共产党员/全国抗疫先进个人姜小敢教授等高水平人才。公开出版CSCD核心期刊《中国临床药理学与治疗学》，与中国睡眠研究会合作主办国际期刊《Sleep Research》。