药学历史悠久，起源于1958年建校伊始的药理学方向。在长期办学历程中，该学科涌现一批诲人不倦的知名教授。例如，定量药理学创始人孙瑞元教授建立国内第一个定量药理研究所，出版我国第一部《定量药理学》专著，开发药代动力学DAS统计软件，出版CSCD核心期刊《中国临床药理学与治疗学》，推动药理学与毒理学研究从“定性”向“定量”转变。本草文献学泰斗尚志钧教授辑复了经典名著《唐•新修本草》，奠定了中国本草史研究的基础，为中国本草文献研究的开拓和发展做出了突出的贡献。首届国医大师、新安医学代表性传承人李济仁教授研制出的经验方清络饮颗粒是国家首个靶向抑制类风湿关节炎的中药新方，被纳入中华中医药学会《类风湿关节炎病证结合诊疗指南》。一代代药学人薪火相传、无私奉献，奠定了学校药学学科的基础。1981年药理学成为全国首批硕士学位授予点。先后培养了近万名“懂医精药”的高素质应用型药学人才，包括美国NIH高斌、复旦大学黄志力、程能能、中山大学周家国及上海中医药大学郑青山、马越鸣等一大批知名专家学者。目前，药学学科组建了一支由国家级人才领衔的高水平团队。

2022年，药学学科入选为安徽省高峰培育学科，现有1个一级学科硕士学位授权点（药学）、2个硕士专业学位授权类别（药学、生物与医药）。2024年，药理学与毒理学学科进入ESI全球前1%，药学专业为省级一流专业。学科现有国家级临床药物评价中心、国家中医药管理局中药药理三级实验室、安徽省多糖药物工程技术研究中心、安徽省皖南地区植物药活性物质筛选与再评价工程实验室、安徽省代谢性疾病药物基础研究创新中心、安徽省临床药物基因组学中心、安徽省个体化药学中心等8个省部级及以上科研平台；与安徽环球基因科技有限公司共建免疫细胞治疗技术研究转化安徽省联合共建学科重点实验室，部分成果进入临床转化阶段。