基础医学建于1958年，2010年获批一级学科硕士学位授权点。现拥有高峰培育学科1个（基础医学），省特色学科1个（病理学与病理生理学）、省重点学科1个（病原生物学）、省级重点实验室2个（衰老相关疾病基础研究与转化、非编码RNA基础与转化研究），省级虚拟仿真实验教学中心2个（基础医学、人体解剖学）；省级教学团队4个（人体寄生虫学、医学免疫学、生物化学与分子生物学、病理生理学）；省级精品课程8门（病理生理学、医学免疫学、医学微生物学、人体解剖学、人体寄生虫学、生物化学与分子生物学、病理学、组织学与胚胎学）；国家级一流课程3门（虚拟仿真实验教学一流课程、病理学、医学免疫学）；大规模在线开放课程（MOOC）示范项目12项（省级3项，校级9项）。

学科聚焦于前沿的基础医学研究，以重大疾病为出发点，探寻疾病发生、发展的基础分子机制，开发潜在治疗方法，致力于基础医学-临床医学的交叉融合与转化，已形成脑神经功能与中枢神经系统变性疾病、活性蛋白与多肽、肿瘤与免疫调节、法医病理学基础与应用等4个特色研究方向，正在新增表观遗传与疾病发生这一新的前沿研究方向。现建有5个研究机构（蛇毒蛇伤研究所、肿瘤微环境研究室、神经系统退行性疾病研究室、表观遗传研究室、神经外科研究所），建设中的法医司法鉴定中心也表明本学科在非传统医学领域也有所布局。