药理学历史悠久，在定量药理学创始人孙瑞元教授的带领下，建立国内第一个定量药理研究所，出版我国第一部《定量药理学》专著，开发药代动力学DAS统计软件，出版CSCD核心期刊《中国临床药理学与治疗学》，推动药理学与毒理学研究从“定性”向“定量”转变。1979年开始培养药理学硕士研究生，1981年获批国务院学位委员会首批硕士学位授权点，药理学所在一级学科（药学）为安徽省高峰培育学科。学科特色研究方向包括定量药理学、天然药物药理学、分子药理学、药用材料安全性评价等。

在人才培养方面，先后培养近万名“懂医精药”的创新应用型药学人才，其中药理学硕士研究生500余人，包括复旦大学黄志力、程能能及上海中医药大学郑青山、马越鸣等一大批优秀药理学专家。

在科学研究方面，学科拥有国家中药药理三级实验室、安徽省多糖药物工程技术研究中心、安徽省皖南地区植物药活性物质筛选与再评价工程实验室等7个省部级科研平台。

在社会服务方面，该学科团队与扬子江药业、正大天晴、南京绿叶制药等30多家生物医药企业建立长期产学研合作关系；与安徽长江药业有限公司共建校企合作订单班，与安徽黄山胶囊药业有限公司协同完成其产品升级，与泰格医药等企业开展教育部产学合作协同育人项目5项，累计横向课题经费近2000万元。