法医学是研究并解决与法律有关的人身损害、死亡、身份鉴识等问题，为刑事侦查提供线索，为审判提供证据的医学学科。我校法医学科于1998年获批基础医学（二级学科方向）法医学硕士学位授予权，2024年获批法医学一级学科硕士学位授权点，2025年获批安徽省高峰学科。现为我校特色鲜明的医学学科。法医学科目前拥有法医病理学、法医物证学、法医毒物学三个二级学科，与司法鉴定科学研究院、美国马里兰大学等开展研究生联合培养。

法医学科主要依托校中心实验室、安徽晥医司法鉴定中心、安徽省数字脑工程中心、法医学颅脑损伤及动物行为学测试平台、法医物证二代测序平台和法医毒物检测与分析平台等开展科研、教学及鉴定工作。学科发展过程中在心肌炎、颅脑损伤、过敏性休克、有毒植物中毒等方面进行了较全面、深入的研究，尤其是有毒植物中毒方面的研究独具特色。目前已形成颅脑损伤、心源性猝死、有毒植物中毒、遗传标记物的筛选等多个稳定的研究方向。近五年，学院教师获批国自然、省科技厅等各类科研课题56项，在国内外著名学术期刊发表科研论文超过80篇，主编和参编专著12部。先后获得安徽省教学成果二等奖1项、湖北省科技进步三等奖1项。